創立於1964年（民國五十三年），校名為「嘉南藥學專科學校」，校址位於台南縣仁德鄉保安村；1996年（民國八十五年）升格為「嘉南藥理學院」，2000年（民國八十九年）改制為「嘉南藥理科技大學」迄今。嘉藥科大棒球隊成立於2004年，為甲組棒壇後起之秀，目前實力仍然稍嫌薄弱；該隊目前沒有贊助商。
